Как настроить ISP Config что бы создаваемые панелью сайты имели иную структуру.
По умолчанию, корень сайта и веб-приложения совпадает, однако требуется что бы корень сайта был подпапкой веб-приложения
Делаю для приложений на Yii2
т.е.

Веб-приложение ставится в /home/site
В конфиг (к примеру) апача пишется
DocumentRoot /home/site/web
а так же чтобы
open_basedir=/home/site