Каким инструментом закачивать на сервер и чем потом можно проверить целосность

Не могу правильно закачать на сервер сборку в 6000 файлов. Пробовал уже Filezilla, Total commander, Coda, через онлайн закачку, СuteFTP8.3.
FTP клиенты показывают, что некоторые файлы различной длины на источнике и на сервере, но на проверку как бы целы. Некоторых, вообще, показывают что файлы закачаны успешно, но в реальности там нулевая длина.

Каким инструментом гарантированно закачивать на сервер и чем потом можно проверить целосность файлов на сервере??